Dort beschäftigte sie sich auch intensiv mit der Notation der Alten Musik, besonders der des Mittelalters und der Ars Subtilior bei Karin Paulsmeier, sowie der historischen Improvisation bei Richard Erig. Ihr persönliches Interesse gilt seitdem der zeitgenössischen Bearbeitung, besonders der Diminutionspraxis. Meisterkurse bei Walter van Hauwe, Pedro Memelsdorff u.a. Claudia Nauheim spielte bereits unter Michael Hofstetter im Radio-Sinfonieorchester Basel am Baseler Theater, unter Joshua Rifkin im Ensemble der Schola Cantorum Basiliensis, auf den Wiesbadener Maifestspielen u.a. CD- und Rundfunkaufnahmen. Kammermusikalisch arbeitet sie v.a. mit "La Villanella Basel" und "Ensemble Floriani" und veröffentlicht eigene Bearbeitungen alter Musik im Gebrüder-Stark-Musikverlag. Im Herbst 2005 wurde sie gebeten, den Lehrauftrag für Notationskunde an der Leipziger Hochschule für Musik und Theater "Felix Mendelssohn Bartholdy" zu übernehmen.