En ce qui concerne l'histoire des grandes orgues de l'église Saint-François-Xavier nous citons d'abord ce qui a été écrit en 1927 par Félix Raugel: «Installé sur une large et spacieuse tribune de pierre le buffet du grand orgue de Saint-François-Xavier dresse une silhouette imposante et très découpée par les saillies des dômes de ses grandes tourelles. L'instrument qui date de 1878 a été construit dans le système tubulaire inventé dès 1866 par le facteur Jacques Fermis. En 1923, MM. Gonzales et Ephrème, appelés à le restaurer, ont revu l'harmonie, étendu à l'instrument tout entier un système tubulaire perfectionné, enfermé les jeux du positif dans une boîte expressive, et apporté diverses améliorations dans le tirage des registres et la disposition des pédales de combinaisons. Cette orgue compte 58 jeux, dont 31 expressifs.»

Le catalogue de la Maison Cavaillé-Coll indique une intervention de celle-ci effectuée en 1890. Le nombre des jeux qu'indique ce catalogue est cependant identique à celui que nous donne Félix Raugel.

Depuis l'orgue a été revu en 1957 par le facteur Müller avant d'avoir été complètement reconstruit en 1993 par Bernard Dargassies. A cette occasion l'instrument fut électrifié et l'ancienne console remplacé par une nouvelle (dans le style américain), dotée de claviers de 61 notes et d'un pédalier de 32 notes.