L'instrument a été construit entre 1858 et 1862 par le facteur d'orgues germano-suisse Friedrich Haas (1811-1886). L'instrument baroque a alors été transformé en un instrument de concert romantique, notamment grâce à l'extension de 48 à 70 jeux et de deux à quatre claviers avec pédale. Le grenier abrite également le Fernwerk (clavier à distance), encore conservé aujourd'hui, financé par Haas lui-même en raison de son audace. Il intègre la seule machine à pluie au monde à l'époque, qui émerveille depuis lors le public avec ses « orages d'orgue ». À l'issue des travaux, les experts de l'époque ont conclu dans leur rapport que l'orgue « pouvait être considéré et déclaré comme un chef-d'œuvre ». Un autre élément aurait pu séduire : la façade de l'orgue, construite entre 1640 et 1648 par Johann Geißler († vers 1670) de Salzbourg, abrite le plus grand tuyau d'orgue de Suisse, d'un diamètre de 572 mm et d'une longueur de 10,7 mètres, qui était même le plus grand du monde à l'époque. Le magnifique buffet principal, créé à la même époque par Niklaus Geisler (1585-1665) de Lucerne, orne encore aujourd'hui l'instrument.

Même après sa transformation vers 1860, le grand orgue de la cour a non seulement été accordé, réglé et réparé à plusieurs reprises, mais il a également subi des transformations importantes. C'est le cas notamment en 1898/99 par le successeur de Haas, Friedrich Goll (1839-1911). La prise en charge de l'instrument par la société de facture d'orgues Kuhn, basée à Männedorf, depuis 1972 peut être considérée comme un tournant majeur dans l'histoire de l'instrument. En 1977, 2001 et 2015, l'instrument a été progressivement transformé en utilisant les anciens tuyaux (environ 70 %) de Geißler, Haas et Goll en combinaison avec de nouveaux tuyaux.

Après la première restauration par Kuhn en 1977, une partie des tuyaux qui n'étaient plus utilisés a été entreposée dans le grenier de l'église. Ces tuyaux, qui se trouvaient à l'origine dans l'orgue principal, ont été en partie intégrés dans le nouvel écho de la société Kuhn, achevé en 2015. Certains jeux sont toujours entreposés dans le grenier.

Au total, l'imposant orgue dispose aujourd'hui, outre le grand orgue sur la tribune, d'un positif de dos, d'un Fernwerk et du nouvel orgue d'écho. C'est précisément cette synthèse de différents styles architecturaux et d'époques allant du XVIIe au XXIe siècle qui rend le grand orgue de la cour si unique. Avec 103 jeux et environ 7500 tuyaux, il compte parmi les plus grands orgues de Suisse.