Il fabriqua quelque 150 instruments de tailles diverses pour l’Allemagne du nord et les Pays-Bas.

L’orgue de la Ludgerikirche à Norden est le deuxième plus grand instrument qu’il ait fabriqué, et il est conçu selon le Werkprinzip. Le contrat datant de 1686 spécifiait la commande d’un instrument à deux claviers et pédalier, mais lors de la réception de l’orgue, en janvier 1688, il s’avéra que Schnitger avait ajouté un Brustpositiv avec six jeux. En 1691/92, il devait encore y ajouter un Oberpositiv de huit jeux joué à partir du clavier du Brustpositiv ce qui portait le nombre total des jeux à 46.

Huit d’entre eux avaient été repris des deux orgues précédents : le plus ancien avait été construit en 1567 par Andreas de Mare, de Groningen (Pays-Bas)/Emden (Frise orientale), le plus récent en 1618 par Edo Evers d’Emden/Jever (Frise orientale). Les 3110 tuyaux sont répartis sur cinq divisions différentes, actionnées à partir de trois claviers et d’un pédalier. L’instrument est placé contre le pilier sud-ouest de la croisée du transept, et la grande tour du pédalier a été placée de manière inhabituelle dans la nef transversale.

En 1981-85, l’orgue a été restauré de manière exemplaire par Jürgen Ahrend, de Leer-Loga. Vingt-cinq jeux et trois des six soufflets ont été reconstruits d’après les modèles de Schnitger.