Dans les fonds du sommier l’inscription suivante a été trouvée: « Lorenzo de Arrazo vivant près d’Oñate avait travaillé sur cet orgue en l’année 1761. » Le buffet d’orgue a été construit par les maîtres Juan Antonio de Maíz et Joaquin Antonio Berasategui et réalisé selon les dessins du facteur d’orgues. L’orgue est situé dans un côté du choeur selon la tradition des orgues historiques de l’Espagne, du Portugal et de l’Amérique du Sud. En 1762, l’orgue a été réceptionné par le moine José de Larrañaga, expert d’orgues. Parmi ses 1450 tuyaux, seulement 51 sont simplement décoratifs. L’orgue a un clavier divisé en basses et dessus (45 notes, Do - do 5) avec octave courte, ainsi que huit touches de pédale diatoniques (Do - Si). Un total de 35 jeux est divisés en 15 basses « Bajos » (main gauche, Do 1 à do 3 ;) et 20 dessus « Tiples » (main droite, Do # 3 à Do 5 ), plus un ensemble de huit tuyaux de basse. Au dessus de la console en fenêtre on voit un impressionant ensemble de chamades (trompetería de batalla). En outre l’orgue a quelques effets spéciaux : rossignol, tambours et timbales. Il dispose également d’un jeux d’anche (Corneta) inclus dans une boîte expressive.

L’orgue a été reconstitué en 1996 par le facteur d’orgues José María Arrizabalaga, qui dans un travail soigneux a rétabli ses caractéristiques originales. Il est accordé dans un tempérament mésotonique légèrement modifié (1/5 de virgule).