Antoine-Édouard Batiste est né à Paris le 28 mars, son père est chanteur à l’Opéra-Comique. En 1828 il entre au Conservatoire de Paris et est élève dans les classes de solfège (1er prix en 1833), d’harmonie et accompagnement (1er prix en 1837), d’orgue (chez François Benoist) et de contre-point et fugue (1er prix en 1839 dans les deux classes). En 1837 il devient professeur-adjoint de solfège, puis professeur du chœur d’homme (1840) au Conservatoire de Paris. 1840 il obtient un premier second grand prix de Rome et séjourne à la Villa Medicis à Rome (1841).
De 1842 à 1854 il est titulaire du grand orgue de l’église Saint-Nicolas-des-Champs à Paris.
Le 1er août 1854 le Conseil de fabrique de l’église Saint-Eustache approuvait la nomination d’Édouard Batiste comme titulaire – la commission d’expert comprenait entre autres les compositeurs Auber et Niedermeyer, le baron Taylor et les organistes Benoist, Lefébure-Wély et Fessy. Jusqu’ici professeur au Conservatoire de Musique de Paris et organiste de Saint-Nicolas-des-Champs, Batiste se retrouvait titulaire du plus bel « orgue moderne » tout juste sorti des ateliers de la maison Ducroquet et doté d’un gigantesque buffet par l’architecte Baltard.
Reconnu comme chef de chœur et comme professeur de solfège, Batiste voit sa réputation s’accroitre d’une manière importante à la suite de son arrivée à Saint-Eustache qui était alors l’un des plus importants foyers musicaux de la capitale.
Sous le Second Empire, la notoriété de Batiste est aussi due à ses innombrables autres activités. En tant que chef de chœur, il figure à l’affiche de nombreux concerts. Au Conservatoire de Paris, le musicien dirige le chœur de l’école et enseigne diverses matières pendant plus de quarante années – selon Fétis, plus de 5000 élèves seraient passés entre ses mains dans le seul cadre de son cours d’enseignement mutuel. Batiste est aussi très régulièrement invité à siéger dans les jurys de concours de chant choral qui se multiplient au milieu du siècle à travers toute l’Europe et à inaugurer d’innombrables orgues.
Les dédicaces des pièces de Batiste témoignent de la réputation internationale acquise par l’organiste qui avait tissé un réseau de connaissances (collègues, élèves, etc.) allant de plusieurs villes anglaises jusqu’à New York ou Boston. Très vite adoptée par ses élèves, la musique de Batiste est imprimée et diffusée en Angleterre et aux Etats Unis où le style français était très en vogue.
L’art de Batiste est intimement lié à l’orgue Ducroquet de l’église de Saint-Eustache de Paris dont l’instrumentiste fut titulaire à partir de 1854. Pendant quelques années, le musicien disposa du plus grand orgue parisien (4 claviers et 68 jeux) jusqu’à ce que Cavaillé-Coll n’intervienne sur ceux de Saint-Sulpice (1862) puis de Notre-Dame de Paris (1868). L’orgue de Saint-Eustache était caractérisé par la combinaison de couleurs héritées du xviiie siècle avec de nombreux registres nouveaux (jeux harmoniques, jeux à anches libres, voix céleste, kéraulophone). L’instrument ayant été très endommagé pendant la Commune (1871), Batiste sollicita pour sa reconstruction son ami Joseph Merklin. La mort prématurée du musicien l’empêcha de connaître le nouvel orgue qui fut inauguré en 1877.