Sa notoriété s'est accrue après avoir été invité au festival de Royan. L'enregistrement de l'intégrale de l'œuvre pour orgue de Jean-Sébastien Bach sur différents orgues historiques en 18 CD l'a fait connaître au-delà des frontières de son pays natal.

Passionné aussi bien par la musique baroque que par la musique contemporaine, il a été un temps professeur d'analyse musicale au Conservatoire de Liège. Dans le domaine de la musique moderne, il a joué des premières ou des premiers enregistrements d'œuvres des compositeurs Luciano Berio, Philippe Boesmans, Amy Johansen, György Ligeti, de son professeur Xavier Darasse et d'autres.

Avec le Ricercar Consort, fondé en 1980 par Foccroulle, Philippe Pierlot et François Fernandez et jouant sur instruments originaux, il a réalisé de nombreux enregistrements d'œuvres de compositeurs baroques d'Allemagne du Nord datant d'avant Bach.

Son œuvre de composition comprend des pièces d'orgue, mais aussi de la musique de chambre, en partie avec la viole de gambe.

En 1992, Foccroulle a été nommé directeur général de l'Opéra de Bruxelles, le Théâtre royal de la Monnaie. Il a poursuivi l'œuvre couronnée de succès de son prédécesseur Gerard Mortier, qui avait permis à l'opéra d'acquérir une renommée internationale. En 2007, il a cédé cette fonction à Peter de Caluwe après 15 ans. Il a ensuite succédé à Stéphane Lissner en tant qu'intendant du Festival d'Aix-en-Provence de 2007 à 2018. Parallèlement à cette activité, il a enseigné comme professeur d'orgue au Conservatoire de Bruxelles de 2009 à 2019. Il continue à se produire comme organiste de concert.

De 2001 à 2009, Foccroulle a été vice-président de l'association "Opera Europa", basée à Bruxelles, qui regroupe 153 opéras de 39 pays.