et commence en 1512, quand Jacob Iversand et Harmen Stüven construisaient un nouveau «grand orgue». Avant 1543 on construisait un Positif de dos, puis en 1551 d’autres transformations suivaient par Jacob Scherer, en 1569/70 et en 1576/77 Dirck Hoyer travaillait sur l’instrument, dans les années 1588/89 Hans Scherer l’aîné laissait ses traces, en 1590/92 suivait une coopération entre Hans Scherer et Hans Bockelmann. Les autres transformations suivaient en 1605/07 (Hans Scherer d. Ä. et ses fils Hans et Fritz) et en 1635/36 (Gottfried Fritzsche). En 1636 l’orgue de St. Jacobi était le premier instrument à quatre claviers.

Les modifications étaient demandées assez souvent par les organistes, comme par exemple par Hieronymus Praetorius et Matthias Weckmann. En 1689-93 suivait alors l’orgue neuf d’Arp Schnitger, qui récupérait 25 jeux du vieil orgue. Jean Adam Reincken tentait en vain d’empêcher l’installation du Principal 32 pieds!

Pendant la deuxième guerre mondiale, la tuyauterie, les coffres de vent et les sculptures en bois de l’orgue étaient heureusement abrités, alors que le buffet, les soufflets ainsi que la console devenaient les victimes des bombardements de la ville. Entre 1989 et 93 la plus récente restauration, un travail exemplaire, fut réalisée par Jürgen Ahrend.