Aapo Häkkinen est devenu le directeur artistique du Helsinki Baroque Orchestra en 2003. Son expertise et sa vision très personnelle ont donné une personnalité particulière à l’orchestre, qui est devenu l’une des formations les plus intéressantes de la scène musicale finlandaise. En 2009 Ricardo Minasi est devenu directeur associé de l'ensemble.

Le Helsinki Baroque Orchestra s’est produit au London Wigmore Hall, à la Philharmonie de Cologne, au Konzerthaus de Berlin et aux festivals d’Helsinki, de Turku, de Bruges, de Bayreuth, de Dresde, de Göttingen, de Schwetzingen, de Stockholm, d’Estella, de Brezice, et de Zagreb. Parmi les solistes et les chefs d’orchestre invités qui ont joué avec l’orchestre par le passé, on citera Enrico Baiano, Frieder Bernius, Patrick Gallois, Reinhard Goebel, Monica Groop, Pierre Hantaï, Erich Höbarth, María Cristina Kiehr, Manfredo Kraemer, Topi Lehtipuu, Enrico Onofri et Skip Sempé.

Les concerts et les enregistrements sans concessions du Helsinki Baroque Orchestra ont contribué à sa réputation : celle d’un promoteur de premier plan de la musique baroque balte et scandinave. En Finlande, ses productions novatrices d’opéras de Haendel et de Haydn lui ont valu une grande reconnaissance nationale.