Il se produit en tant que soliste, joueur de basse continue ainsi que directeur d’ensemble dans tous les pays du monde et a également effectué des enregistrements de CD et pour la radio. Parmi ces derniers figurent l’intégrale des œuvres pour clavier de Thomas Tomkins (4 CDs, MDG, prix de l’association « Deutsche Schallplattenkritik ») ainsi que des œuvres pour orgue de Johann Sebastian Bach (2 CDs dans le cadre d’un enregistrement intégral sur les orgues de Andreas et Johann Andreas Silbermann, AEOLUS). En 1999, il fonde avec Christoph Dittmar l’ensemble « Cantus Thuringia & Capella » qui s’est fait connaître par de nombreux concerts et enregistrements d’œuvres des 16ème au 18ème siècles du centre de l’Allemagne, ainsi que par l’interprétation d’œuvres scéniques qui se réfèrent à l’art de la représentation de l’époque. Il a initié le projet « Héritage musical de Thuringe », qui se consacre particulièrement à la redécouverte et à la publication d’œuvres instrumentales et vocales inconnues de Thuringe (collection de CDs chez cpo et Edition).

Il a enseigné à l’université de Dortmund ainsi que dans les Ecoles supérieures de musique de Detmold, Herford et Brême, et a dirigé des masterclasses. Depuis 1994 Bernhard Klapprott est professeur de clavecin et d’instruments historiques à claviers au département de musique ancienne de l’Ecole Supérieure de Musique Franz Liszt de Weimar. Il y enseigne également l’orgue et plus particulièrement les œuvres des 16ème au 18ème siècles.