Il a étudié l'orgue à Amsterdam avec Piet Kee et à Paris avec Jean Langlais. En outre, il est romaniste habilité. Il enseigne l'orgue à l'Université libre d'Amsterdam ainsi qu'aux Académies internationales d'été à Haarlem. Il enseigne également comme professeur invité dans plusieurs universités européennes, en Afrique du Sud et en Corée. Dans les séries connues "Organo Incognito" "Repro de Organo", il a publié plus de 50 volumes de musique d'orgue des 17e, 18e et 19e siècles. Kooimann a été connu dans le monde entier pour être un défenseur ardent de la 'musique ancienne', en particulier en ce qui concerne l'interprétation des œuvres d'orgue de Bach. En dehors de cela il a écrit des articles au sujet de l'interprétation de la musique d'orgue de Bach. En avril 2008, Ewald Kooiman avait commencé à enregistrer sa troisième version intégrale de la musique d'orgue de J.S.Bach pour le label Aeolus. Mais le 29 janvier 2009 il nous a quitté tragiquement. Il n'avait enregistré que 8 volumes de cette intégrale Bach.