Les débuts de l'orgue Stellwagen sur le mur nord de l'église, remontent à 1467. La façade de style gothique tardif, conservée jusqu'à nos jours, abritait un orgue Blockwerk de style gothique, qui a été agrandi en 1637 en un orgue à trois claviers par le facteur d'orgues Friedrich Stellwagen.

Stellwagen a ajouté quelques jeux à l'ancien Blockwerk (aujourd'hui le Hauptwerk), et il a construit un Brustwerk au dessous puis un Rückpositiv dans la balustrade de la tribune. Le pédalier était situé derrière le Hauptwerk. Avant et après cette extension, l'orgue était à l'ombre du grand orgue de l'église. De ce fait, nous avons la chance aujourd'hui que seules quelques modifications aient été effectuées entre-temps, de sorte que le matériel historique a été en grande partie conservé.

En 1931, Hugo Distler a été nommé à l'église Saint-Jacques et en 1935, il a initié une restauration de l'orgue.

Heureusement, l'instrument a été sauvé de la destruction de la Seconde Guerre mondiale.

En 1977/78, une restauration complète de l'instrument a été effectuée conformément aux règles de la conservation des monuments historiques. Restauration par la société Gebrüder Hillebrand de Altwarmbüchen près de Hanovre.

C'est l'un des rares orgues au monde où un stock original de tuyaux gothiques et Renaissance a été conservé.