La construction de l’orgue de Saint-François fut suscitée par les préoccupations des autorités de l’église d’améliorer l’accompagnement de la maîtrise qui se tenait alors derrière le maître-autel à une grande distance de l’orgue de tribune. Candidat pour la construction du nouvel orgue de chœur, Cavaillé-Coll proposa un projet plus ambitieux qui consistait à retirer de l’église l’instrument de tribune et à en construire un nouveau dont l’imposant buffet serait posé sur le sol et atteindrait la voute. Inauguré le 15 décembre 1880, l’orgue de Saint-François a été miraculeusement conservé dans son état d’origine grâce à la clairvoyance de ses titulaires successifs.