Il découvre la musique d’aujourd’hui à Liège, au contact de Claude Ledoux, Henri Pousseur, Bernard Foccroulle, Célestin Deliège et Philippe Boesmans avec qui il travaille ensuite la composition.

Benoît Mernier consacre une partie de son temps à l’orgue en tant qu’interprète et pédagogue. Il se produit comme soliste en Belgique et à l’étranger (en Europe, au Canada, au Mexique ou au Japon). Il a enregistré plusieurs disques dont l’un s’est vu décerner le Grand Prix de l’Académie du disque Charles Cros. Son répertoire touche tant à la musique ancienne (XVIIème et XVIIIème siècle) qu’à la musique romantique ou aux œuvres contemporaines.

Jouées et souvent créées dans le cadre de festivals tels que Ars Musica, Présences, Wien Modern, Gaudeamus, World Music Days (ISCM), Prague Premieres, ses œuvres sont interprétées par des musiciens et ensembles réputés: Michaël Schönwandt, Bertrand de Billy, Ronald Zollman, Patrick Davin, Paul Daniel, Lorraine Vaillancourt, Pascal Rophé, Andrey Boreyko, Ernesto Martinez-Izquierdo, Georges-Elie Octors, Jonas Alber, Pierre Bartholomée, Filip Rathé, le Quatuor Arditti, l’Ensemble Modern, le Nouvel Ensemble Moderne, le Quatuor Danel, le Trio Medicis, le Trio Fibonacci; les ensembles Oxalys, Ictus, Musiques Nouvelles, Spectra, le Chœur de Chambre de Namur, l’Orchestre du Théâtre Royal de la Monnaie, l’Orchestre Philharmonique de Liège, l’Orchestre National de Belgique, l’Orchestre Philharmonique de Radio-France, l’Orchestre Philharmonique de la Radio de Vienne, …

Plusieurs de ses œuvres ont été récompensées par des prix en Belgique et à l’étranger.

Durant la saison 2002-2003, Benoît Mernier était «compositeur en résidence» au Palais des Beaux-Arts de Bruxelles et au festival autrichien Carinthischer Sommer 2004. Le Concours Musical International Reine-Elisabeth lui a commandé l’œuvre imposée pour la session chant en 2004. Il a été invité d’honneur au Festival de Wallonie en 2008 où son Concerto pour piano par Cédric Tiberghien et l’Orchestre Philharmonique de Liège Wallonie-Bruxelles sous la direction de Pascal Rophé.

Son premier opéra «  Frühlings Erwachen  » d’après F. Wedekind sur un livret de Jacques De Decker, lui a été commandé par le Théâtre de la Monnaie à Bruxelles où il a été créé en mars 2007 dans une mise en scène de Vincent Boussard. Le label Cyprès a publié plusieurs disques consacrés à ses œuvres dont un coffret CD/DVD de son opéra qui a été récompensé par un Diapason d’Or.

Un livre publié chez Mardaga lui a été consacré («  L’Eveil du Printemps, naissance d’un opéra  »).

La Dispute, un deuxième opéra commandé par la Monnaie, y a été créé en mars 2013. Il est édité chez Durand. La fondation Koussevitzky et la Bibliothèque du Congrès américain lui ont fait la commande d’une nouvelle œuvre pour le Pro Arte Quartet qui a été créée aux Etats-Unis en mars 2014 et qui fait l’objet d’une récente parution discographique. Son Concerto pour violon écrit pour le violoniste Lorenzo Gatto et l’Orchestre National de Belgique, commanditaire de l’œuvre, a été créé en février 2015.

Il écrit une nouvelle œuvre pour la Choraline et l’Orchestre de la Monnaie ainsi qu’un concerto pour orgue qui sera créé lors de l’inauguration du nouvel orgue du Palais des Beaux-Arts à Bruxelles.

Après avoir enseigné l’analyse musicale dans plusieurs Hautes Ecoles des Arts belges pendant une dizaine d’années, il est aujourd’hui professeur d’orgue et d’improvisation à l’Institut Supérieur de Musique et de Pédagogie (IMEP) à Namur et organiste titulaire à l’église du Sablon à Bruxelles.

Depuis 2007, Benoît Mernier est membre de l’Académie Royale de Belgique (Classe des Beaux-Arts).