Aunque no abundan las grabaciones de esta obra interpretadas al órgano, las posibilidades que brinda este instrumento aportan una riqueza especial, a través del juego de los registros y su melodiosidad. El órgano que construyó Zacharias Hildebrandt en 1746 para la iglesia de San Wenceslao en Naumburgo es una obra maestra de la organería, un instrumento espectacular, con los habituales tres teclados alemanes y un imponente pedalero, a cuya aprobación acudió el propio Bach junto a Silbermann. Su discípulo Altnickol, quien auxilió a Bach en el manuscrito de El arte de la fuga conservado, pasó a ser su titular en 1748 a instancias de Bach. Samuel Kummer es el organista titular de la Frauenkirche de Dresde y no se ha prodigado en la discografía. Su interpretación es sencillamente magistral, llena de equilibrio, expresividad y una asombrosa naturalidad que casi nos hace olvidar al intérprete, mientras saca partido de todos los recursos de este maravilloso órgano. Podríamos mencionar los registros maravillosamente elegidos, con los flautados o principales, las flautas, violas da gamba, bordones, con bajos espectaculares de 16 pies, como en el Canon alla Duodecima —con bajos en manual principal y pedal—, y en ciertos momentos, donde la música debe elevarse, se introducen nasardos o lengüetas, como en el Contrapunto 6, trompetas como en los Contrapuntos 7y 8, mientras que en el pedalero se alcanzan algunos momentos apoteósicos con los imponentes 32 pies en el Contrapunto ti y en la mítica fuga inacabada sobre tres sujetos, donde B-A-C-H se introduce como contrasujeto, y a la que Kummer, como otros, propone una versión adicional con el cuarto sujeto. Una toma de sonido espectacular y unas buenas notas en el libreto, con significados retóricos y teológicos, completan este disco excepcional.