Né en 1975 à Minden/Westphalie, il a étudié la musique sacrée, l'éducation musicale, la flûte à bec (examen de concert) et l'orgue (examen de concert), la direction d'orchestre, le clavecin et la théorie musicale à Hanovre, Amsterdam et Düsseldorf. Parmi ses professeurs, il y a notamment Ulrich Bremsteller, Lajos Rovatkay, Hans van Nieuwkoop, Jacques van Oortmerssen et Jean Boyer. Pendant ses études, il a bénéficié d'une bourse de la "Studienstiftung des Deutschen Volkes".
Après avoir remporté huit premiers prix au concours fédéral "Jugend musiziert", il a été lauréat, entre autres, du concours Mendelssohn-Bartholdy de Berlin, du concours Pachelbel de Nuremberg, du concours Ritter de Magdebourg, du concours Böhm de Lüneburg, du concours universitaire de Hanovre/Mannheim, du concours allemand de musique de Berlin, du concours européen des jeunes organistes de Ljubljana et du concours Musica antiqua de Brugge. En 1999, il a été finaliste du concours ARD de Munich. Par ailleurs, il a reçu de nombreuses autres bourses et aides financières.
En 1999, il a reçu le Prix de promotion de la culture de la Basse-Saxe.
De 1997 à 1999, il a été cantor et organiste de l'église Nazareth de Hanovre. Ensuite, il a travaillé dans deux des plus importants lieux de musique d'église en Allemagne : en 1999, il a succédé au KMD Prof. Oskar Gottlieb Blarr en tant que cantor et organiste à la Neanderkirche, Düsseldorf. De 2002 à 2004, Martin Schmeding a occupé le poste d'organiste de la croix de Dresde, une tradition vieille de plus de 700 ans. En outre, de 2012 à 2016, il a été organiste titulaire de la Ludwigskirche de Fribourg et directeur du chœur de chambre de l'ancien Landeskantorat Südbaden.
Après avoir enseigné à Hanovre, Leipzig, Weimar et Dresde, il a été professeur d'orgue à la Haute école de musique de Fribourg de 2004 à 2015, succédant au professeur Zsigmond Szathmáry. Il y a également dirigé l'Institut de musique sacrée, fondé à son initiative en octobre 2012. De 2014 à 2016, il a occupé un poste de professeur invité à la Haute école de musique de Lucerne (Suisse).
À l'automne 2015, il a repris une classe d'orgue à l'École supérieure de musique et de théâtre "Felix Mendelssohn Bartholdy" de Leipzig - associée à la direction de l'"Académie européenne d'orgue" - l'un des postes les plus traditionnels de sa discipline. En outre, depuis 2018, il est professeur invité au Royal Birmingham Conservatoire. Les étudiants de sa classe d'orgue ont été lauréats de nombreux concours internationaux et occupent des postes importants dans les églises et les universités.
Il a réalisé de nombreux enregistrements pour la télévision, la radio et des CD (notamment l'intégrale des œuvres pour orgue de J. Brahms, F. Mendelssohn Bartholdy, Max Reger, Wolfgang Rihm et Franz Schmidt, le premier enregistrement sur un instrument original des œuvres pour piano à pédales de Robert Schumann, la version pour orgue des Variations Goldberg de J. S. Bach). En outre, des éditions de partitions et des publications dans des livres et des revues spécialisées (entre autres Butz, Carus, Herder, Schott), des concerts en tant que soliste, musicien de chambre et avec orchestre en Allemagne et à l'étranger (Europe, Asie et Amérique) et lors de festivals (entre autres Bach-Fest Leipzig, Thüringer Bachwochen, Braunschweiger Kammermusikpodium, Merseburger Orgeltage, Niedersächsische Musik- und Orgeltage, Festspiele Mecklenburg-Vorpommern, Schleswig-Holstein- Musikfestival), l'enseignement lors de masterclasses nationales et internationales et l'activité de juré de concours (notamment les concours Bach de Leipzig et Boston, ION de Nuremberg, concours Silbermann de Freiberg), de chef d'orchestre et de compositeur constituent son profil artistique.
En 2009, 2017 et 2020, il a été récompensé par le prix de la critique allemande du disque (Bestenliste). En remportant l'"Echo Klassik 2010" en tant qu'instrumentiste de l'année, Martin Schmeding a reçu l'un des prix musicaux internationaux les plus prestigieux pour son enregistrement "J. S. Bach : Goldberg-Variationen (version pour orgue)".
En 2017, il a été nommé professeur de l'année (sciences humaines et culturelles) par la fondation UNICUM (parrainée par le ministère fédéral de l'éducation) parmi plus de 2000 nominés de 250 universités allemandes.
Il a obtenu son doctorat sur l'œuvre de jeunesse et l'œuvre pour orgue de Wolfgang Rihm avec la mention "summa cum laude" en 2021.
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