L’orgue de l’église Notre-Dame de Tolosa fut construit en 1885 par la Maison Stoltz-Frères de Paris pour 35.000 pesetas. Selon F.Clastrier et O.Candendo il semble qu’il s’agit du premier orgue construit par la Maison Stoltz-Frères au Pays Basque. Il fut inauguré le 12 avril 1885. A cette occasion fut donnée la Messe en do mineur pour chœur mixte à quatre voix, orgue et orchestre de chambre de Felipe Gorriti, avec, aux claviers de l’orgue, le compositeur lui-même.

Une première restauration fut entreprise en 1976 par la Maison José M.a Galdós de Hernani.

Lors des travaux de restauration de l’église en 1991, l’orgue fut malheureusement grièvement endommagé. Par la suite la Manufacture d’Orgue de Dax (F) et son propriétaire Robert Chauvin furent chargés d’une grande restauration qui eut lieu entre 1993 et 1994.