Das Instrument wurde von 1858 bis 1862 durch den deutsch-schweizerischen Orgelbauer Friedrich Haas (1811–1886) erbaut. Dabei wurde das bis dahin barocke Werk u.a. durch die Erweiterung von 48 auf 70 Register sowie von zwei auf vier Manuale mit Pedal in ein romantisches Konzertinstrument verwandelt. Auf dem Dachboden wurde zudem das noch heute erhaltene, wegen seiner Waghalsigkeit von Haas selbst finanzierte Fernwerk untergebracht. In diesem ist die damals weltweit einzige Regenmaschine integriert, mit der das Publikum seither mit „Orgelgewittern“ in Erstaunen versetzt wird. Nach Abschluss der Arbeiten kamen die damaligen Gutachter in ihrem Bericht zu dem Schluss, dass die Orgel „als ein Meisterwerk angegeben und erklärt werden darf“. Und noch etwas hätte locken können: Im zwischen 1640 und 1648 von dem Salzburger Johann Geißler († ca. 1670) erbauten Orgelprospekt steht die mit einem Durchmesser von 572 mm und einer Länge von 10,7 Metern größte Orgelpfeife der Schweiz, die damals sogar die größte der Welt war. Das zur gleichen Zeit entstandene prachtvolle Hauptgehäuse, erschaffen vom Luzerner Niklaus Geisler (1585–1665), schmückt noch heute das Instrument.

Auch nach der Veränderung um 1860 wurde die Große Hoforgel nicht nur immer wieder gestimmt, reguliert und repariert, sondern auch größeren Umbauten unterzogen. So etwa 1898/ 99 durch den Haas-Nachfolger Friedrich Goll (1839–1911). Als ein größerer Einschnitt in die Geschichte des Instruments darf die Betreuung seit 1972 durch die Männedorfer Orgelbaufirma Kuhn angesehen werden. In den Jahren 1977, 2001 und 2015 wurde das Instrument schrittweise unter Verwendung der alten Pfeifen (etwa 70 Prozent) von Geißler, Haas und Goll in Kombination mit neuen Pfeifen umgestaltet.
Dabei wurde nach der ersten Restaurierung durch Kuhn im Jahr 1977 ein nicht mehr verwendeter Teil des Pfeifenwerks auf dem Dachboden der Kirche eingelagert. Diese Pfeifen, die ursprünglich in der Hauptorgel standen, wurden teilweise in das neue Echowerk der Firma Kuhn eingebaut, das 2015 fertiggestellt wurde. Einige Register sind nach wie vor auf dem Dachboden gelagert.
Insgesamt verfügt die imposante Orgel damit heute neben dem Hauptwerk auf der Empore auch über ein Rückpositiv, ein Fernwerk und das neue Echowerk. Gerade diese Synthese unterschiedlicher Baustile und Epochen vom 17. bis ins 21. Jahrhundert macht die Große Hoforgel so einzigartig. Mit 103 Registern und ca. 7500 Pfeifen zählt sie zu den größten Orgeln in der Schweiz.