Er baute um die 150 Instrumente verschiedener Größe in Norddeutschland und den Niederlanden. Die Orgel in der Ludgerikirche Norden stellt sein zweitgrößtes Instrument dar, gebaut nach dem Werkprinzip. Der Vertrag für ein Instrument mit zwei Manualen und Pedal stammt von 1686, doch als das Instrument im Januar 1688 übergeben wurde stellte sich heraus, daß Schnitger über den Vertrag hinaus ein Brustpositiv mit sechs Registern zugefügt hatte. Außerdem sollte er die Orgel 1691/92 noch mit einem Oberpositiv von acht Registern vergrößern, welches vom Manual des Brustwerks aus gespielt wird, zu einem Gesamtumfang von schließlich 46 Registern.

Acht von diesen waren aus den zwei Vorgängerorgeln übernommen worden: die ältere von ihnen stammte von 1567 von der Hand von Andreas de Mare aus Groningen (NL) / Emden, die jüngere wurde 1618 von Edo Evers aus Emden / Jever (Ostfriesland) gebaut. Die 3110 Pfeifen sind verteilt über fünf verschiedene Werke, die von drei Manualen und dem Pedal aus bespielt werden. Das Instrument ist aufgestellt am südöstlichen Vierungspfeiler, wobei der einzige große Pedalturm in ungewöhnlicher Weise in das Querschiff platziert wurde. 1981-1985 wurde die Orgel beispielhaft von Jürgen Ahrend aus Leer-Loga restauriert, wobei 25 Register und drei von sechs Bälgen nach Vorbildern von Schnitger rekonstruiert wurden.