In der Windlade wurde die folgende Notiz gefunden: „Lorenzo de Arrazo, der nahe Oñate lebt, hat an dieser Orgel im Jahr 1761 gearbeitet”. Das Orgelgehäuse war eine Arbeit der Meister Juan Antonio de Maíz und Joaquin Antonio Berasategui, und wurde gemäß der Zeichnung des Orgelbauers verwirklicht. Die Orgel wurde auf der rechten Seite der Chorempore aufgestellt - entsprechend der Tradition der historischen Orgeln von Spanien, Portugal und Südamerika. 1762 erfolgte die Abnahme der Orgel durch den Sachverständigen Pater José de Larrañaga. Von den 1450 Pfeifen sind lediglich 51 blind. Das Instrument hat ein geteiltes Manual (45 Tasten, C - c’’’, mit kurzer Oktave) und acht Pedaltasten (C - H). Insgesamt gibt es 35 Register, unterteilt in 15 Baßregister („Bajos”, linke Hand, C bis c’) und 20 Diskantregister („Tiples”, rechte Hand, cis’ bis c’’’), dazu eine Reihe von acht Baßpfeifen. Zusätzlich gibt es einige Spezialeffekte: Vogelstimme, Trommeln und Pauken, sowie ein in einem Schwellenkasten eingeschlosses Zungenregister (Corneta). Nicht zu vergessen sind natürlich die typischen spanischen Trompeten (trompetería de batalla) über dem Spielschrank.

Die Orgel ist 1996 durch den Orgel- bauer José María Arrizabalaga restauriert worden. Hierbei wurde behutsam der ursprüngliche Zustand wieder hergestellt. Bei der Stimmung handelt es sich um eine leicht modifizierte (1/5 Komma) Mitteltönigkeit.