Antoine-Édouard Batiste wurde am 28 März in Paris als Sohn eines Sängers an der Opéra-Comique geboren. 1828 wurde er am Conservatoire de Paris aufgenommen und erhielt Unterricht in Musiklehre (1er prix 1833), Harmonielehre und Begleitung (1er prix 1837), Orgel (bei François Benoist) sowie Kontrapunkt und Fuge (1er prix 1839 in beiden Fällen). 1837wurde er Assistenzprofessor in Musiklehre, später Professor für Männerchor (1840) am Conservatoire von Paris. 1840 gewann er den Rompreis und hielt sich in der Villa Medicis in Rom auf (1841). 1842 erfolgte seine Ernennung zum Titularorganisten der Orgel in der Kirche Saint-Nicolas-des-Champs in Paris. Am 1. August 1854 bestätigte der Kirchenvorstand von Saint-Eustache die Nominierung von Édouard Batiste als Titularorganist. Der Expertenkommission gehörten unter anderem die Komponisten Auber und Niedermeyer, der Baron Taylor sowie die Organisten Benoist, Lefébure-Wély und Fessy an. Batiste, der bis zu diesem Zeitpunkt Professor am Conservatoire de Musique in Paris und Organist an Saint-Nicolas-des-Champs gewesen war, erfreute sich nun seines Postens als Titulaire einer der schönsten « modernen » Orgeln, die soeben die Werkstätten der Firma Ducrocquet verlassen hatte und deren gigantischer Prospekt ein Werk des Architekten Baltard war.
Der Bekanntheitsgrad des als Chorleiter und Musiklehrer bereits anerkannten Batiste nahm in der Folge seiner Nominierung an der als Musikforum so bedeutenden Hauptstadtkirche Saint-Eustache stark zu.
Während der Zeit des Second Empire verdankte Batiste seine Bekanntheit auch zahlreichen anderen Aktivitäten. In seiner Eigenschaft als Chorleiter fand sich sein Name auf den Plakaten zahlreicher Konzerte. Auch leitete er den Chor des Conservatoires von Paris, wo er auf eine 40-jährige Lehrtätigkeit zurückblicken konnte – Fétis zufolge soll er mehr als 5000 Schüler unterrichtet haben.
Batiste war auch regelmäßig Jurymitglied bei Wettbewerben für Chorgesang, die ab der Mitte des 19. Jahrhunderts in ganz Europa immer mehr zunahmen und trat anläßlich zahlreicher Orgelweihen auf.
Die Widmungen seiner Werke zeugen von der internationalen Reputation, die der Organist genoß. Er pflegte ein Netzwerk von Kontakten zu seinen Schülern und Kollegen, das über England bis hin zu den USA nach New York bzw. Boston reichte.
Die Kunst Batistes ist eng mit der Ducroquet-Orgel der Kirche Saint-Eustache in Paris verbunden, wo er ab 1854 Titularorganist war. Während einiger Jahre verfügte der Musiker also über die größte Orgel von Paris (4 Manuale, 68 Register), bis zu dem Zeitpunkt da Cavaillé-Coll die Orgeln von Saint-Sulpice (1862) und Notre-Dame (1868) erbaute. Die Ducroquet-Orgel zeichnete sich durch eine Kombination von aus dem 18.Jahrhundert überlieferten Klangfarben mit zahlreichen neuen Registern aus (überblasende Stimmen, durchschlagende Zungen, Voix céleste, Keraulophon). Während der Commune (1871) wurde das Instrument schwer beschädigt. Batiste bat seinen Freund Joseph Merklin, sich um den Wiederaufbau zu bewerben. Das Instrument wurde 1877 eingeweiht, jedoch verhinderte der frühzeitige Tod des Musikers, daß er die Orgel jemals kennenlernen konnte.