Er wurde 1644 in eine Bauernfamilie geboren, und zwar in Algemesí, einer Stadt nahe Valencia. Er war der Sohn eines Pächters aus Mallorca. Wir wissen nichts über Cabanilles’ Kindheit, außer daß seine Familie zwischen 1645 und 1646 in die benachbarte Stadt Manisses übersiedelte, wo sie bis etwa 1661 blieb. Außerdem wissen wir, daß er hier seine erste musikalische Ausbildung erhielt.

Valencia war eine der großen mediterranen Metropolen, Hauptstadt eines Reiches mit eigener Sprache und Währung, eine dynamische Stadt mit Verbindungen nicht nur in das übrige Spanien, sondern auch nach Italien, Deutschland und in die Niederlande. Der wirtschaftlichen Bedeutung der Stadt entsprach auf der anderen Seite eine bedeutende kulturelle, humanistische und wissenschaftliche Aktivität. Und diese Bedeutung wiederum ging einher mit einer großen Pracht der liturgischen Zeremonien, die als glanzvoll und verschwenderisch bezeichnet werden müssen. In der Kathedrale von Valencia fanden jährlich 80 Morgenandachten und 200 feierliche Vespern statt, mit zahlreichen Meßdienern, Orgel, mehreren mehrstimmigen Chören und Choralschola etc. Zu diesen Anlässen wurden monumentale mehrchörige Werke aufgeführt, entweder auf lateinisch (Messe und Psalmen) oder auf spanisch (Villancicos). In diesem Umfeld entwickelte Cabanilles seine musikalischen Akti vitäten, wurde 1665 zum zweiten Organisten ernannt und schließlich 1666 zum ersten und einzigen.

Zwischen 1675 und 1677 war er außerdem mit der Betreuung der Chorknaben betraut. Neben seinen zahlreichen Orgelwerken komponierte er einige mehrchörige Werke, darunter ein Villancico für fünf Chöre. Er starb 1712 und wurde in der Kathedrale beigesetzt.