Sein Bekanntheitsgrad stieg, nachdem er zum Festival von Royan eingeladen wurde. Die Einspielung des Gesamtwerkes für Orgel von Johann Sebastian Bach an verschiedenen historischen Orgeln auf 18 CDs machte ihn über die Grenzen seines Heimatlandes hinaus bekannt.

Er ist sowohl der Barockmusik wie auch der zeitgenössischen Musik zugetan und war zeitweise Lehrer für Musikanalyse am Lütticher Konservatorium. Im Bereich der modernen Musik spielte er Erstaufführungen oder Ersteinspielungen von Werken der Komponisten Luciano Berio, Philippe Boesmans, Amy Johansen, György Ligeti, seines Lehrers Xavier Darasse und anderer.

Mit dem auf Originalinstrumenten musizierenden Ricercar Consort, 1980 von Foccroulle, Philippe Pierlot und François Fernandez gegründet, machte er zahlreiche Einspielungen von Werken norddeutscher Barockkomponisten aus der Zeit vor Bach.

Sein kompositorisches Schaffen umfasst Orgelwerke, aber auch Kammermusik teils mit Gambe.

1992 wurde Foccroulle zum Generaldirektor der Brüsseler Oper, dem königlichen Monnaie-Theater ernannt. Er setzte das erfolgreiche Werk seines Vorgängers Gerard Mortier fort, der dem Opernhaus zu internationalem Ansehen verholfen hatte. 2007 hat er dieses Amt nach 15 Jahren an Peter de Caluwe abgetreten. Danach war er in Nachfolge von Stéphane Lissner von 2007 bis 2018 Intendant beim Festival d’Aix-en-Provence. Neben dieser Tätigkeit lehrte er von 2009 bis 2019 als Professor für Orgel am Brüsseler Konservatorium. Er tritt weiterhin als Konzertorganist in Erscheinung.

Foccroulle war von 2001 bis 2009 Vizepräsident der Vereinigung „Opera Europa“ mit Sitz in Brüssel, der 153 Opernhäuser aus 39 Ländern angeschlossen sind.