Seit 2003 ist Aapo Häkkinen künstlerischer Leiter des Helsinki Baroque Orchestras. Durch seine umfassenden Kenntnisse und seine persönliche Vorstellungskraft hat er das Profil des Orchesters geschärft, so daß es zu einem der interessantesten Ensembles des heutigen finnischen Musiklebens geworden ist. 2009 übernahm Riccardo Minasi die Position eines festen Gastdirigenten.

Das Helsinki Baroque Orchestra ist aufgetreten in der Londoner Wigmore Hall, der Kölner Philharmonie, dem Berliner Konzerthaus und auf den Festivals von Helsinki, Turku, Brügge, Bayreuth, Dresden, Göttingen, Schwetzingen, Stockholm, Estella, Brezice (Rann) und Zagreb. Als Solist oder Gastdirigent haben bereits Enrico Baiano, Frieder Bernius, Patrick Gallois, Reinhard Goebel, Monica Groop, Pierre Hantaï, Erich Höbarth, María Cristina Kiehr, Manfredo Kraemer, Topi Lehtipuu, Enrico Onofri und Skip Sempé mit dem Orchester zusammengearbeitet.

Die kompromißlosen Aufführungen und CD-Aufnahmen des Helsinki Baroque Orchestras haben beigetragen zu seinem Ruf als herausragender Exponent der baltischen und skandinawischen Barockmusik. Mit bahnbrechenden Produktionen von Opern Händels und Haydns gewann es zu Hause breite nationale Anerkennung.