Seit einigen Jahren beschäftigt er sich mit der historischen Aufführungspraxis von geistlicher Musik und Orgelmusik des 19. und 20. Jahrhun- derts. Seitdem wird er regelmäßig für Meisterkurse in Europa und in die USA eingeladen. Ferner mündete die Beschäftigung mit diesem Fachgebiet in mehrere CD-Einspielungen auf dem Label Aeolus: die Gesamteinspielung der Werke für Orgel und Gesang sowie der Motetten César Francks auf zwei SACDs  (AE-10013 und AE-10033) in Zusammenarbeit mit den Solistes-de-Lyon, eine Doppel-SACD mit Orgelwerken von Edouard Batiste (AE-10731), sowie die hier vorliegende Anthologie geistlicher Werke von Théodore Dubois.

Mit dem Gedanken, die Tradition von Orgelkonzerten und geistlichen Konzerten zu erneuern, organisiert Diego Innocenzi seit November 2002 das Herbstfestival von Vandœuvres, welches einen Schwerpunkt auf Kammermusik mit Orgel setzt. Ebenfalls seit 2002 gestaltet er hier Zyklen von Gottesdiensten mit Chorgesang und Kantaten.

Weitere Schwerpunkte sind ein Programm, welches zeitgenössichen Tanz mit Orgelmusik kombinbiert (Pasos-Passacaglia, 2008), Orgelmarathons aus Anlass der Fêtes de la Musique in Genf 2008 und 2010, ein Psalmen-Festival im Rahmen von Calvin-09 (2009) oder auch die Nächte von Saint-Gervais, in denen Orgelmusik mit Videoprojektion kombiniert wird (2009).