Er konzertiert international als Solist, Generalbassspieler sowie Ensembleleiter und spielte CD- und Rundfunkaufnahmen ein, u.a. das Gesamtwerk für Tasteninstrumente von Thomas Tomkins (4 CDs, MDG, Preis der Deutschen Schallplattenkritik) und Orgelwerke Johann Sebastian Bachs (2 CDs im Rahmen der Gesamteinspielung an Orgeln Andreas und Johann Andreas Silbermanns, AEOLUS). 1999 gründete er gemeinsam mit Christoph Dittmar das Ensemble „Cantus Thuringia & Capella“, das durch zahlreiche Konzerte und Aufnahmen besonders mit mitteldeutschem Repertoire des 16. bis 18. Jahrhunderts sowie durch die Aufführung von Bühnenwerken in Verbindung mit historischer Schauspielkunst hervorgetreten ist. In diesem Zusammenhang initiierte er das Projekt „Musikerbe Thüringen“, das sich hauptsächlich der Wiederentdeckung und Veröffentlichung unbekannter thüringischer Vokal- und Instrumentalmusik widmet (CD-Reihe bei cpo sowie Edition).

Seine Lehrtätigkeit führte ihn an die Universität Dortmund, die Hochschulen für Musik Detmold, Herford und Bremen sowie zu Meisterkursen. Seit 1994 lehrt Bernhard Klapprott als Professor an der Hochschule für Musik Franz Liszt Weimar Cembalo/Historische Tasteninstrumente am Institut für Alte Musik sowie Orgel im Bereich des 16. bis 18. Jahrhunderts.