Im Alter von sechs Jahren erhielt Thomas Kügler seinen ersten Unterricht auf der Blockflöte und mit sechzehn setzte er seine musikalische Ausbildung parallel dazu auf der Traversflöte fort. Sein Block- und Traversflötenstudium absolvierte er jeweils mit der Reifeprüfung bei Konrad Hünteler und Jerôme Minis in Münster und ergänzte seine Studien in Mailand bei Pedro Memelsdorff sowie am Konservatorium von Amsterdam bei Jed Wentz, wo er sein Solistendiplom (2000) erhielt.

Neben dem Flötenrepertoire des ausgehenden 17. bis frühen 19. Jahrhunderts gilt sein besonderes Interesse der frühen Literatur für seine Instrumente. Bereits während seines Studiums setzte er sich intensiv mit der Spieltechnik und Literatur der Renaissancetraversflöte auseinander.

Sowohl solistisch als auch als Mitglied verschiedener Ensembles und Orchester für Alte Musik spielte er Konzerte, Rundfunkaufnahmen (DeutschlandRadio, SWR) und CDs innerhalb Europas, in Japan und Taiwan. In Co-Produktion mit dem DeutschlandRadio entstand 2001 eine CD-Ersteinspielung von venezianischen Sonaten des Komponisten und Flötisten Ignazio Sieber (Coviello Classics), auf der er als Blockflötist zu hören ist.