In Kontakt mit zeitgenössischer Musik kam er in Lüttich Dank seiner Begegnungen mit Claude Ledoux, Henri Pousseur, Bernard Foccroulle, Célestin Deliège und Philippe Boesmans, bei dem er anschließend Komposition studierte.
Einen Teil seiner Aktivitäten widmet Benoît Mernier der Orgel, sowohl als Interpret als auch als Pädagoge. Solistisch tritt er regelmäßig in Belgien und im Ausland auf (Europa, Kanada, Mexiko, oder auch Japan). Mehrere CD-Einspielungen gehen auf sein Konto, eine davon erhielt den Grand Prix de l’Académie du disque Charles Cros. Sein Repertoire reicht dabei von der alten Musik (17. und 18. Jahrhundert) über die romantische Musik bis hin zu zeitgenössischen Werken.
Seine eigenen Werke werden oft gespielt bzw. uraufgeführt bei bekannten Festivals wie Ars Musica, Présences, Wien Modern, Gaudeamus, World Music Days (ISCM), Prague Premieres. Die Liste seiner namhaften Interpreten ist beeindruckend: Michael Schönwandt, Bertrand de Billy, Ronald Zollman, Patrick Davin, Paul Daniel, Lorraine Vaillancourt, Pascal Rophé, Andrey Boreyko, Ernesto Martinez-Izquierdo, Georges-Elie Octors, Jonas Alber, Pierre Bartholomée, Filip Rathé, das Arditti-Streichquartett, das Ensemble Modern, das Nouvel Ensemble Moderne, das Danel-Streichquartett, das Trio Medicis, das Trio Fibonacci; die Ensembles Oxalys, Ictus, Musiques Nouvelles, Spectra, der Kammerchor Namur, das Orchester des Théâtre Royal de la Monnaie, das Orchestre Philharmonique de Liège, das Orchestre National de Belgique, das Orchestre Philharmonique de Radio-France, das Radiosymphonieorchester Wien, …
Mehrere seiner Kompositionen erhielten Auszeichnungen in Belgien und im Ausland.
Während der Saison 2002-2003 war Benoît Mernier „composer in residence” im Palais des Beaux-Arts in Brüssel und 2004 beim österreichischen Festival Carinthischer Sommer. Für den Königin-Elisabeth-Wettbewerb in Brüssel komponierte er 2004 das Pflichtstück in der Kategorie Gesang. 2008 war er Ehrengast beim Festival de Wallonie, wo sein Klavierkonzert von Cédric Tiberghien und dem Orchestre Philharmonique de Liège Wallonie-Bruxelles unter der Leitung von Pascal Rophé aufgeführt wurde.
Seine erste Oper „Frühlings Erwachen” nach Frank Wedekind und einem Libretto von Jacques De Decker, schrieb er für das Théâtre de la Monnaie in Brüssel. Sie wurde dort im März 2007 in einer Inszenierung von Vincent Boussard uraufgeführt. Das Label Cyprès hat mehrere CDs seiner Werke herausgegeben, darunter eine DVD mit seiner Oper, die den Diapason d’or erhielt.
Ein ihm gewidmetes Buch mit dem Titel „L’Eveil du Printemps, naissance d’un opéra” erschien im Verlag Mardaga.
Seine zweite Oper „La Dispute”, ebenfalls ein Auftragswerk des Théâtre de la Monnaie, wurde dort im März 2013 uraufgeführt. Sie ist bei Durand verlegt. Die Koussevitzky-Stiftung und die Amerikanische Kongressbibliothek gaben bei ihm ein Werk für das Pro Arte Quartet in Auftrag, welches im März 2014 uraufgeführt wurde und kürzlich auf CD erschien. Sein für den Geiger Lorenzo Gatto und das Orchestre National de Belgique als Auftraggeber komponiertes Violinkonzert wurde im Februar 2015 uraufgeführt.
Sein Konzert für Orgel wird anläßlich der Einweihung der neuen Orgel für den Palais des Beaux-Arts in Brüssel uraufgeführt.
Nach etwa zehn Jahren Tätigkeit als Dozent für Analyse an verschiedenen belgischen Hochschulen ist er heute Professor für Orgel und Improvisation am Institut Supérieur de Musique et de Pédagogie (IMEP) von Namur und Titularorganist an der Eglise du Sablon in Brüssel.
Seit 2007 ist Benoît Mernier Mitglied der Königlichen Belgischen Akademie (Klasse der Schönen Künste).
