Nach Orgelunterricht bei Chris Dubois, studierte Bart Naessens am Lemmens Institut (Löwen) Orgel bei Prof. Luc Ponet, Cembalo bei Kris Verhelst und Orchesterleitung bei Edmond Saveniers. Er nahm an zahlreichen Meisterkursen teil, u.a. bei Ben van Oosten, Leo Van Doeselaar, Menno Van Delft und Trevor Pinnock. Er ist ein gefragter Begleiter und tritt auch als Solist und in Ensembles auf der ganzen Welt auf. Dabei arbeitete er mit Musikern und Ensembles wie Currende, Il Gardellino, Ensemble Explorations, Zefiro Torna, Collegium Vocale Gent, Collegium Instrumentale Brugense und dem Flämischen Rundfunk-Chor und -Orchester. Seit 1999 ist Bart Naessens Organist an der St-Gillis-Kirche in Brügge. Er unterrichtet Orgel und Cembalo an der Akademie Blankenberge und am Lemmens Institut, Löwen. In letzter Zeit konzentrierte er sich zunehmend auf das Dirigieren und hatte zahlreiche Engagements als Gastdirigent. Mit der Sopranistin Amaryllis Dieltiens gründete er das Barockensemble Capriola Di Gioia.