Das Instrument stammt aus der Pariser Werkstatt der Gebrüder Stoltz und wurde 1885 errichtet. Es kostete damals 35.000 Pesetas. F.Clastrier und O. Candendo schreiben in ihrer Publikation, daß dieses Instrument vermutlich das erste der Firma Stoltz-Frères im Baskenland gewesen sei.

Im Rahmen der Einweihung, die am 12.April 1885 stattfand, wurde die Messe in c-Moll für vierstimmigen gemischten Chor, Orgel und Kammerorchester von Felipe Gorriti aufgeführt, wobei der Komponist selbst die Orgel spielte.

1976 wurde die Orgel erstmals restauriert. Diese Arbeiten führte José M.a Galdós aus Hernani durch.

Im Rahmen von Kirchenrenovierungsarbeiten geschah 1991 ein Unglück: ein Gesteinsbrocken aus der Decke stürtzte in die Orgel und beschädigte dabei zahlreiche Pfeifen des Récit. Aus diesem Grund mußte das Werk 1993/1994 grundlegend renoviert werden. Diese Arbeiten führte die Firma Orgelbau Dax (F) unter seinem Inhaber Robert Chauvin durch.

Die Orgel ist das ältere Schwesterinstrument der Stoltz-Frères-Orgel im nicht weit von Tolosa entfernten Ort Bergara (1889).