Gerd Zacher wurde 1929 in Meppen an der Ems geboren. Ersten geregelten Musikunterricht erhielt er während des Krieges bei dem Reger-Schüler Fritz Lubrich am Konservatorium in Katowice. Ab 1948 studierte er in Detmold Komposition bei Günter Bialas, Dirigieren bei Kurt Thomas und Orgel bei den Straube-Schülern Hans Heintze und Michael Schneider, anschließend in Hamburg Klavier und Theorie bei dem Busoni-Schüler Theodor Kaufmann. Während der Darmstädter Ferienkurse besuchte er den Unterricht von Messiaen, Wolpe, Boulez und Stockhausen.

1954-57 war er Kantor und Organist an der deutschen evangelischen Kirche in Santiago de Chile, danach an der Lutherkirche in Hamburg-Wellingsbüttel (seit 1968 Kirchenmusikdirektor). Seine Hamburger Konzertreihe erregte damals weltweites Aufsehen, einerseits wegen der Uraufführungen und andererseits wegen der Pflege jener Musik, die durch die Nationalsozialisten verdrängt worden war. Viele Werke zeitgenössischer Orgelmusik, die ihm gewidmet sind, hat er uraufgeführt (Allende-Blin, Cage, Englert, Herchet, Kagel, Ligeti, Otte, Schnebel, Yun...). 1970 wurde er als Leiter der Abteilung für Evangelische Kirchenmusik an die Folkwang-Hochschule in Essen berufen. Bis 1973 war er außerdem Organist an der Immanuelskirche in Wuppertal- Oberbarmen.

Er unternahm Konzerttourneen im In- und Ausland und spielte zahlreiche Schallplatten ein. Eigene Chor- und Orgelwerke machten ihn weiterhin bekannt (Lexikon „Komponisten der Gegenwart”). Durch Seminare und Veröffentlichung von Texten hat er die heutige Bach-Interpretation nachhaltig beeinflußt. Als Neuestes wurde 2003 bei den Internationalen Festwochen in Luzern seine Entschlüsselung von Bachs „Musicalischem Opfer” aufgeführt; alle Kanons erfahren unerwartete Lösungen durch die präzisen Anweisungen Bachs, die bisher nicht genau genug befolgt wurden.